Исходный код находится в одном репозитории, а скрипты билдов-деплоев – в другом. При этом – в них используются разные бранчи.
Необходимо загрузить оба репозитория.
Для решения – используем плагин Multiple SCMs.
Переходим в Manage Jenkins > Manage Plugins, устанавливаем его:
Теперь – добавляем в преокт необходимые репозитории:
Пример – два разных репозитория, с разными бранчами:
Готово.