Исходный код находится в одном репозитории, а скрипты билдов-деплоев — в другом. При этом — в них используются разные бранчи.
Необходимо загрузить оба репозитория.
Для решения — используем плагин Multiple SCMs.
Переходим в Manage Jenkins > Manage Plugins, устанавливаем его:
Теперь — добавляем в преокт необходимые репозитории:
Пример — два разных репозитория, с разными бранчами:
Готово.